Madame Brisby est une souris que la vie n'a pas épargné ... Mère de 4 enfants ( Teressa, Martin, Cynthia et Timothée ), elle est aussi veuve. Son mari, Jonathan Brisby, a en effet perdu la vie alors qu'il essayait de verser une poudre dans le bol du chat, Dragon, pour l'endormir et permettre aux rats de NIMH de rentrer dans la maison du fermier. Elle doit donc élever sa petite famille seule. Malgré le chagrin et la peur qui ont suivit la perte de son compagnon, Madame Brisby est forte et aime sa famille plus que tout. L'envie de les protéger est bien plus forte que la peur et elle est de beaucoup, malgré qu'elle ne le sache pas vraiment.

Un jour, son fils cadet est tombé très malade. Elle alla consulté Mr Ages qui lui expliqua que le pauvre souriceau était atteint d'une pneumonie. Il lui donna un antidote qu'elle devait lui donner. Sur le chemin du retour, elle fit la rencontre de Jérémy, un corbeau extraverti qui était emmêle dans des cordages dont il voulait se servir pour faire un nid d'amoureux. Les cris de l'oiseau finir par attirer Dragon qui se lança à leur poursuite. Par chance, Brisby réussi à décrocher Jérémy et elle pu s'enfuir et échappa au chat en plongeant dans l'eau. En sortant, elle se rendu compte que l'antidote pour son fils s'était perdu dans la bagarre. Elle pu cependant le récupérer car le corbeau l'avait ramassé. En rentrant chez elle, elle reçu la visite de Tati musaraigne qui lui annonça que le jour du déménagement ne tarderait pas.

Le lendemain, tel que Tati l'avait dit, le fermier mit en marche le tracteur. Timothée étant malade, il ne pouvait pas s'enfuir et Brisby décida donc d'arrêter le tracteur. Avec l'aide de la musaraigne, elle pu ainsi gagner du temps. Mais il reviendra et elle se devait de trouver une solution. Elle alla donc chez le grand hibou, un sage qui l'aida en lui conseillant d'aller voir les rats de NIMH, ceux du rosier de la ferme à coté de chez elle. Ces rongeurs très intelligents pourraient l'aider à déplacer sa maison dans l'angle mort d'une grosse pierre dans le champs.

En allant dans le rosier, elle découvrit que Mr Ages était avec eux. Elle y rencontra Justin, un rat de garde très gentil et Jenner, un rat qui ne voulait pas voir la communauté évolué et prendre son indépendance. Brisby se rendit chez le chef de la bande, Nicodemus. Celui-ci lui raconta l'histoire des rats de NIMH et Brisby découvrit que son mari était en fait le sauveur d'une troupe de rongeurs ayant subit des injections dans le cadre d'une étude en laboratoire. Elle su aussi ce jour-là comment il était mort et le vieux rat lui remis un collier que son mari voulait lui offrir, la pierre endormie ne se réveillerait que pour les âmes courageuses.. Nicodemus accepta de l'aider à mettre sa famille à l'abris et elle se proposa pour endormir Dragon afin que les rats puissent voler du matériel au fermier. Mais elle se fit attraper par le fils Fitzgibbons et fini dans une cage. Elle entendit une discutions entre Mr Fitzgibbons et un homme de NIMH, ils allaient venir pour essayer de capturer les rats. Elle se devait de sortir au plus vite de la cage pour les prévenir.

Elle pu tout de même s'en sortir et pu retourner chez elle où les rats bougeaient la maison. L'opération fut sabotée par Jennere et fini mal. Nicodemus perdit la vie et la maison était dans la boue. Elle prévint les rats de la venue de NIMH, ce qui poussa Jennere a attaquer Justin. Le combat ce fini bien pour ce-dernier qui annonça le départ des rats. Mais la maison de Brisby s'enfonçait dans la boue et les rats ne purent rien faire pour l'empêcher de couler, malgré leurs efforts. La souris fit tout son possible aussi mais la maison fini par disparaitre dans la boue. Justin voulu la sauver de là et elle se débattait tellement pour sauver ses enfants malgré la peur que son courage réveilla la pierre endormie de son collier et le pouvoir de celle-ci pu mettre sa maison en lieu sûr en utilisant son pouvoir. Ce soir-là, les rats quittèrent la ferme pour partirent dans la vallée de Thorn. La famille de Brisby mise à l'abris, la jeune mère pu continuer à élever ses enfants. Son fils malade pu guérir et le calme revint dans le champs.

Quelques temps plus tard, Brisby verra son fils cadet s'en aller pour la vallée de Thorn alors qu'il avait été élu par Nicodemus pour suivre les traces de son père. Mais une fois Timothée partit, son autre fils, Martin, s'en alla lui aussi, furieux de ne pas avoir été choisis. Elle ne revit aucun de ses garçons, malgré les nouvelles qu'elle recevait de Tim, avant un long moment. Elle put les retrouver tout les deux alors que son cadet était devenu un héros et l'ainé fut guérit de sa folie.